Czechy jako kraj pozbawiony dostępu do morza wiele uwagi poświęca transportowi śródlądowemu. Przez terytorium kraju biegną trzy rzeki: Łaba Odra oraz Wełtawa. Większość kanałów posiada IV klasę żeglowności (Wełtara Melnik-Slapym, Elbe-Vlatawa), z czego część należy do transeuropejskich szlaków śródlądowych Ren-Dunaj oraz Bałtyk- Adriatyk. Do najważniejszych z planowanych inwestycji należą modernizacja śluz na rzece Łaba, rozbudowa szlaku wodnego do Budejovic oraz najistotniejszym z punktu widzenia współpracy międzynarodowej, czyli budowa kanału mającego połączyć Odrę, Dunaj i Łabę.
W przypadku Węgier główny szlak śródlądowy stanowi rzeka Dunaj, która na odcinku 400 kilometrów przebiega przez terytorium całego kraju. Stanowi część sieci TEN-T i na całej swojej długości posiada klasę żeglowności kategorii VI B oraz VIC. Dzięki połączeniu z portami morskimi na Dunaju odbywa się 8% międzynarodowych przewozów towarowych. Plany dotyczące żeglugi śródlądowej zakładają dołączenie do sieci TEN-T rzeki Tisa oraz jej połączenie z Dunajem. W ramach kolejnych inwestycji modernizacji zostaną poddane porty śródlądowe, w tym port Baja, na którym odbudowana zostanie infrastruktura kolejowa i terminalowa oraz port w Mohacs, gdzie trafi nowe wyposażenie. Istotnym problemem pozostają miejscowe płycizny sięgające 1,9-2,0 metrów, co ogranicza możliwości operacyjne dla dużych jednostek transportowych.
Pozbawiona dostępu do morza Słowacja swoją strategię transportową również opiera o transport śródlądowy i rzekę Dunaj, która na długości 170 kilometrów przebiega wzdłuż kraju. Drugim ważnym odcinkiem rzecznym jest należąca do sieci TEN-T rzeka Vah. Aktualnie trwają pracę nad przygotowaniem studium wykonalności jej połączenia z Dunajem. Cel, jaki chce osiągnąć słowackie Ministerstwo Transportu, zakłada poprawę warunków nawigacyjnych na Dunaju do momentu osiągnięcia głębokości 2,5 metra przez 300 dni w roku.