Kluczową rolę w intermodalnym transporcie towarów odgrywają porty morskie. Aż 85% ładunków przemieszczanych jest przy wykorzystaniu jednostek morskich. Jest to szczególnie widoczne w kontaktach gospodarczych między Unią Europejską a Azją, w ramach których wartość dwustronnych obrotów towarowych wyniosła w zeszłym roku 514 miliardów euro, z czego 58 miliardów stanowiły obroty z krajami Europy Środkowo- Wschodniej. Znaczna część wymiany odbywa się za pośrednictwem największych regionalnych portów w Rydze, Tallinie, Kłajpedzie czy też Gdańsku, które w coraz większym stopniu konkurują ze swoimi rosyjskimi, a także niemieckimi odpowiednikami. Najdalej wysuniętym na północ państwem bałtyckim jest Estonia. Strategiczne położenie na przecięciu szlaków lądowych oraz dostęp do morza sprawiają, iż w ciągu 72 godzin możemy dotrzeć do największych europejskich portów w Niemczech, Wielkiej Brytanii czy też Holandii.
Istotnym atutem Estonii jest również bliskość dużych ośrodków gospodarczych w krajach skandynawskich, do których codziennie z portu w Tallinie odpływa 25 tysięcy pasażerów. W całym 2016 roku obsłużonych zostało 5579 rejsów pasażerskich, w których trakcie obsłużono ponad 10 milionów osób. Dla zobrazowania wielkości omawianych liczb warto dodać, że jest to wynik 7-krotnie wyższy od liczby wszystkich obywateli Estonii. W skład Kompleksu Portowego w Tallinie wchodzą trzy porty towarowe: Muuga, Paldiski oraz Paljassaare, które w 2016 roku obsłużyły 20,1 milionów ton towarów,
w tym kontenerów o łącznej pojemności 202 327 TEU.
Największy w Estonii port Muuga ma głębokość 18 metrów i przystosowany jest do obsługi jednostek transportujących towary płynne, statków typu ro-ro (Roll on-Roll off), kontenerowców oraz masowców długości do 300 metrów. Drugi co do wielkości spośród portów krajów bałtyckich ulokowany jest w Rydze (Łotwa). W 2016 roku obsłużył on 37,1 miliona ton towarów, z których 35,9% stanowił węgiel, 21,9% produkty ropopochodne, a 10,9% kontenery o łącznej pojemności 385 937 TEU. W przypadku jednostek kontenerowych obserwujemy wysoką dynamikę wzrostu ich wolumenu, czego przyczyną jest aktywny udział Wolnego Portu Ryga w inicjatywie „Jeden Pas, Jeden Szlak”. Efektem międzynarodowej współpracy jest bezpośrednie połączenie kolejowe z Chinami w ramach korytarza Chiny–Kazachstan–Łotwa–Rotterdam. Ponadto Ryga jest miastem znajdującym się w niewielkiej odległości od Moskwy, co przy uwzględnieniu takich samych parametrów infrastruktury kolejowej (rozstaw szyn 1520 mm) umożliwia swobodny transport towarów z portu w Rydze do stolicy Rosji. Chociaż potencjał przeładunkowy portu w Rydze jest wykorzystywany jedynie w 60%, zarządcy planują kolejne inwestycje mające na celu przyspieszyć jego rozwój. Jedną nich będzie pogłębienie kanału portowego z 15 do 17 metrów, co umożliwi obsługę większych jednostek pływających. Kolejną realizowaną już inwestycją jest Dry Bulk Complex na wyspie Krievu, który docelowo na czterech stanowiskach cumowniczych ma obsługiwać 12–22 milionów ton ładunków masowych rocznie. Całość za pomocą szlaków drogowych oraz kolejowych zostanie połączona z krajową siecią transportową. Pod względem obsłużonej masy ładunków trzeci co do wielkości port na Bałtyku i największy w gronie państw bałtyckich mieści się w Kłajpedzie (Litwa).
W 2016 roku obsłużył 42 miliony ton ładunków, w tym kontenerów o pojemności 443 tysięcy TEU. W porcie mogą być obsługiwane jednostki o długości do 350 metrów oraz głębokości zanurzenia rufy nieprzekraczającej 13,4 metra. W porcie znajdują się dwa terminale kontenerowe o pojemności 600 tysięcy i 450 tysięcy TEU, które obsługują 5 operatorów: MAERSK, MSC, UNIFEDER, HAPAG LLOYD oraz CONTAINERSHIPS. Litwa, podobnie jak Łotwa i Estonia, położona jest blisko krajów skandynawskich, Rosji oraz Białorusi, która, pozbawiona dostępu do morza, za pośrednictwem portu w Kłajpedzie odbiera 14 milionów ton towarów. W latach 2018–2020 w porcie zaplanowane jest pogłębienie kanału nawigacyjnego do 16,5–17 metrów, aw roku 2021 rozpocznie się budowa zewnętrznego portu o powierzchni 130 hektarów, przepustowości 34 milionów ton i głębokości 17,5 metra. Warto dodać, iż port w Kłajpedzie posiada regularne połączenie kolejowe do Wilna oraz autostradę, którą można dotrzeć kolejno do Kowna, Wilna oraz Mińska